Mendel, dopo aver eseguito diverse analisi su incroci monoibridi, decise di passare ad analizzare gli incrici diibridi tra varietà parentali diverse per due caratteri. così, i risultati ottenuti dalla generazione F2,  potevano essere spiegati solamente con quella che chiamiamo "legge dell'indipendenza dei caratteri". Durante la formazione dei gameti, gli alleli di due o più geni si segegano e si assortiscono indipendentemente l'uno dall'altro. In F2 vedremo di conseguenza la presenza di quattro fenotipi. Negli incroci eseguiti da Mendel, lo stesso rapporto tra i fenotipi si presentava dalla coppia di caratteri esaminata. Oggi sappiamo che questa terza legge di Mendel è possibile applicarla se e solo se i geni sono localizzati su cromosomi diversi.